巴彦淖尔市档案馆设5个内设机构

　　（一）办公室。负责日常运转和综合协调。承担机要交换、财务管理、人事、党建、干部培训和专业教育、离退休干部管理和服务等工作。

　　（二）保管利用科。负责档案库房安全管理工作。承担馆藏档案资料和现行文件的保管、利用工作。承担馆藏档案资料的整理、鉴定、划控以及涉密档案解密相关工作。 

  （三）征集编研科。负责拟订并组织实施档案接收、征集计划，负责档案史料研究、编纂、出版工作。征集各时期、各门类、各方面及重大项目、重要事件人物的档案资料。编写档案馆指南等参考资料。指导旗县区档案编研工作。

　　（四）信息技术科。负责拟订并组织实施档案信息化规划。承担档案数字化业务指导和馆藏数据库日常管理工作。开展电子档案的指导、接收、存储工作。承担重要档案异地异质备份工作。承担电子政务联络协调相关工作。

　　（五）业务指导科。受档案主管部门委托，承担档案行政执法、档案执法监督的相关辅助性工作。承担馆藏档案统计、展览、宣传等工作。承担对全市各级各类档案馆、市本级机关、团体、事业单位以及企业、新经济组织和农牧业、农村牧区、民生等重要领域的档案业务指导，指导验收重点工程项目、重大科技成果档案。